No século XVII seis religiosos chegaram à Bahia mas o seu destino era Angola, para onde iriam fundar um Convento. Foram obrigados a permanecer aqui por 8 meses, sem conseguir um navio para levá-los ao seu destino. E tendo sido hospedados em condições precárias, sugeriram fundar o Convento aqui mesmo, o que foi feito logo depois. As obras do Convento foram concluídas em 1686 e as da Igreja em 1697.
É considerado um dos mais importantes museus de arte sacra do mundo e foi declarado Patrimônio da Humanidade pela Unesco em 1985. O conjunto arquitetônico é formado pelo Convento e pela Igreja e tem uma área construída de 5.250 m2 que foram restaurados em 1958, já quase em ruínas, pela Universidade Federal da Bahia.
O acervo conta com mais de 5.000 peças entre mobiliário, imagens e objetos sagrados muito valiosos.